分子生態(tài)學(xué)是應(yīng)用分子生物學(xué)的原理和方法來研究生命系統(tǒng)與環(huán)境系統(tǒng)相互作用的生態(tài)機(jī)理及其分子機(jī)制的科學(xué)。分子生態(tài)學(xué)（Molecularecology）是生態(tài)學(xué)與分子生物學(xué)相互滲透而形成的一門新興交叉學(xué)科，形成于20世紀(jì)70年代末至80年代初。分子生態(tài)學(xué)是應(yīng)用分子生物學(xué)的原理和方法來研究生命系統(tǒng)與環(huán)境系統(tǒng)相互作用的生態(tài)機(jī)理及其分子機(jī)制的科學(xué)。其研究內(nèi)容包括種群在分子水平的遺傳多樣性及遺傳結(jié)構(gòu)、生物器官變異的分子機(jī)制、生物體內(nèi)有機(jī)大分子對環(huán)境因子變化的響應(yīng)、生物大分子結(jié)構(gòu)、功能演變與環(huán)境長期變化的關(guān)系以及其他生命層次生態(tài)現(xiàn)象的分子機(jī)理等。